वक्फ कानून को लेकर मुस्लिम पक्ष की सबसे बड़ी चिंता और आशंका इस कानून में मौजूद वक्फ-बाय-यूजर क्लॉज से है. इसको लेकर कोर्ट ने सुनवाई के दौरान चिंता भी जाहिर की और अगले आदेश तक इसे डिनोटिफाई न करने को कहा है